가장 흔한 주 증상이다. 초기 증상으로 주로 아프타성 구내염이 나타난다.

아파타성 구내염 (Aphthous Stomatitis) : 통증이 있고 작고 둥근 모양으로 붉은색 경계가 뚜렷한 궤양이 나타나는 입안의 염증으로 자주 재발한다.

입술, 혀, 구강점막, 연구개, 경구개, 편도, 인후나 비강에까지 생길 수 있고 단독 또는 다수가 함께 생기기도 하며 크기는 2~10mm 정도이나 훨씬 깊고 클 수 있다.

통증이 심해 식사에 어려움을 주고 입에서 악취가 난다.

몇 주 안에 흉터 없이 치유가 되지만 자주 재발한다.

구내염은 베체트병의 몇 년 후에 나타날 다른 증상이 나타나기 전에 나타나는 선행 증상인 경우가 많다.

입안에 생기는 것과 비슷한 궤양이 생식기에 나타나는데 남성의 경우 음경과 고환에, 여성의 경우에는 외음부, 질, 자궁경부에 주로 생긴다.

통증이 있으며, 입안에 생기는 것보다는 깊고 크기가 크다.

펀치로 구멍을 뚫은 듯 경계가 명확하며, 수나 크기가 다양하고 동통을 동반하며 일반적으로 여성에서 궤양의 크기가 큰 편이다.

재발하지만 구강궤양보다는 빈도가 덜하다.

후포도막염(posterior uveitis) : 눈을 싸고 있는 외측 섬유성 막에 생긴 염증

홍채섬모체염(iridocyclitis) : 눈으로 유입되는 빛의 양을 조절하는 홍채와 홍채를 열고 닫는 근육인 섬모체에 생긴 염증. 홍채염으로 통증이 생기고, 눈물이 나며 홍채 앞쪽에 고름(앞방축농, hypopyon)이 생긴다.

망막이 염증에 노출되면서 시야가 흐려지고, 광과민성(photophobia)이 생기며, 맥락망막염(chorioretinitis)이 생긴다.

눈의 염증은 치유 되지만, 반복된 염증으로 시력이 감소하거나 여러 해 동안 반복되면 완전히 실명할 수 있다.

종종 눈에 나타나는 이상 증상들이 베체트병의 첫 증상으로 나타나기도 하지만, 베체트병을 얻은 후 몇 년이 지난 뒤에 나타나는 경우도 있다.

특징적 병변보다는 다양성을 보여, 결절홍반, 다형홍반모양 발진, 여드름모양 농포진, 절종양, 고름피부증, 혈전정맥염 등이 나타난다.

결절홍반(erythema nodosum)과 비슷한 피부 증상 : 주로 여성들의 다리 앞쪽에 붉고 부드러운 염증성 결절이 생긴다. 저절로 없어지지만 피부색 변화와 함께 흐린 흉터를 남길 수 있다.

남자 환자들은 여드름모양 발진과 모낭에 염증이 생긴다.

베체트병 환자의 50%가 여러 관절에서 통증(arthralgia)과 부종이 생긴다고 한다.

관절통은 다른 증상이 나타나기 전이나 후 또는 동시에 언제든지 생길 수 있다.

통증은 중등도에서 아주 심한 정도로 다양하며 주로 무릎, 손목, 팔꿈치, 발꿈치 관절에 생기는 경우가 많고 만성적으로 지속될 수 있다.

통증이 생긴 관절에 손상이 남는 경우는 거의 없다.

환자의 약 10~20%에서 보이며 보통 첫 증상으로부터 약 16개월 이후에 나타난다.

처음 베체트병 발병 때 나타날 수 도 있고 병이 진행된 뒤에 나타날 수도 있다.

수막뇌염과 수막염이 반복해서 생기면서 신경계 손상이 생길 수 있다.

소뇌조화운동불능증(cerebellar ataxia), 거짓연수마비(pseudobulbar palsy), 경련이 나타나기도 한다.

혈관에 염증이 생기기도 한다.

다리의 큰 정맥에 생기는 염증은 혈전성 정맥염을 유발한다.

혈전이 떨어져 혈행을 타고 순환하다가 혈관을 막는 색전증(embolus)의 위험이 높아지며, 동맥의 벽이 늘어나거나 늘어난 동맥벽이 주머니를 만드는 동맥류가 생기기도 하고, 이런 늘어난 혈관과 주머니가 혈관을 막기도 한다.

드물게 혈전이 폐혈관을 막는 폐색전증이 생길 수도 있고 흉통, 기침, 호흡곤란, 객혈을 보인다.

남성의 경우 부고환염이 특징적으로 나타난다.

드물게 사구체와 신장에 염증이 생겨 신장과 요관에 이상이 생기는 경우도 있다.