원인은 정확히 밝혀져 있지 않으나 여러 가지 원인이 복합적으로 관여할 것으로 알려져 있다. 이들 요인으로는 유전적인 측면, 미생물 감염 관련설, 자가면역설, 혈관내피 세포 손상에 의한 측면 등을 들 수 있다.
유전적인 측면은 질병의 호발 지역이 지중해 연안, 극동아시아 등으로 비교적 국한되어 있는 사실에 의해 HLA 항원 중 HLA-B51이 환자에서 높은 비율로 나타남이 알려졌다. 최근에는 이 유전자 외에 MICA 유전자 제 6형이 증가되었고 이 역시 HLA-B51유전자가 양성인 사람에서 많은 것으로 조사되었다. 이 외에도 많은 유전자의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)에 대한 보고가 계속 발표되고 있다.
다른 원인으로 바이러스 감염이 밀접한 관계가 있다고 알려져 있으며 근래에는 단순포진바이러스(Herpes simplex virus, HSV)의 DNA를 환자의 타액, 외음부 궤양조직, 장 궤양조직 등에서 검출하였고 HSV를 마우스에 접종하여 베체트병 유사 증상을 유도하기도 하였다. 연쇄구균에 대한 지연과민반응과 이로 인해 유도된 열충격단백에 의한 면역이상으로 유발된 것으로 주장되기도 한다. 환자의 혈청에서 1형 T세포 싸이토카인과 세포가 증가되어 있으며 자가항체 또는 면역글로불린 형성이 증가되어 있는 등 T세포 및 B세포 이상설도 제시 되었다.
임상 양상이 다양하고 진단적 가치가 있는 검사가 없어 진단에 어려움이 많다. 따라서 전형적인 임상증상들과 상세한 병력을 근거로 하여 이미 알려진 국제적 진단기준에 의해 정해진다. 그리고 피부과, 안과, 이비인후과, 내과 등 연관 전문의의 포괄적 접근이 필요하다.
환자의 팔 안쪽에 생리식염수를 피하 주사하고 48시간 후에 농포형성을 관찰하는 이상과민검사(pathergy test, needle puncture test)는 진단에 도움이 되나, 농포형성이 없다고 해서 베체트병이 아니라고 할 수는 없다.
1987년 일본의 [베체트병 연구위원회]에서 제시한 기준이 실제 임상에서 널리 쓰이고 았다. 1990년 International Study Group for Behcet's Disease(ISGBD)에 의한 진단기준은 구강궤양이 없는 베체트병은 더 이상 베체트병으로 진단할 수 없으며, 이상과민반응 검사 양성율이 낮은 국가에서는 이상과민반응 검사 자체가 진단에 큰 비중을 차지할 수 없다는 점, 또는 부증상들이 포함되어 있지 않다는 점에서 연구측면에서는 도움이 되나 임상 측면에서는 적용에 한계성을 보인다.